В НИИ урологии МЗ РФ аспирантура была организована в 1985 году приказом МИНВУЗа СССР   618 от 27.08.85 г. по специальности "Урология" - 14.00.40 (14.01.23).

С 1985 года в НИИ урологии МЗ РФ прошли подготовку в аспирантуре 98 человека, из них 29 - целевым назначением для регионов России. 84 аспирантов защитили кандидатские диссертации, у 4 диссертация подготовлена к защите. Многие из целевых аспирантов получили место ассистента на кафедре урологии в том регионе, который направил их на учебу.

Итогом интенсификации научной деятельности что с 1980 года сначала на хирургическом Ученом Совете 2-го МОЛГМИ им. Н. И. Пирогова, а затем на организованном в НИИ урологии МЗ РФ Специализированном Совете по защите диссертаций (Д 084.46.01) было защищено сотрудниками института 24 докторских диссертации и 75 кандидатских диссертаций. Это позволило укомплектовать руководство всеми клиническими и параклиническими отделами института докторами медицинских наук и повысить до 70 процентов количество сотрудников, имеющих ученую степень. Такой высокий научный потенциал института позволяет ему в настоящее время находиться на переднем крае отечественной и мировой урологии и оказывать научную и методическую помощь урологам регионов Российской Федерации. Так, под научным руководством докторов медицинских наук института подготовлены и защищены  докторские диссертации соискателей из г.г. Москвы, Воронежа, Ставрополя, Нальчика и других регионов России, кандидатские диссертации соискателей из г.г. Смоленска, Краснодара, республик - Северной Осетии, Кабардино-Балкарии и др., что имеет большое значение для активизации научной и практической работы в различных регионах России по оказанию высококвалифицированной помощи урологическим больным. 

Составной частью единой системы непрерывного образования является подготовка специалистов в клинической ординатуре, аспирантуре, докторантуре, соискательство, обучение на циклах тематического усовершенствования и обучение на рабочих местах.

В 1985 году в НИИ урологии организована клиническая ординатура по урологии. (Лицензия, приложение к лицензии). В том же году приказом Минвуза СССР от 27.08.85 г. № 618 по специальности 14.00.40 Урология, было организовано обучение в аспирантуре, докторантуре.

Одним из организаторов и в дальнейшем первым руководителем созданной в НИИ урологии системы подготовки учащихся был заместитель директора института по научной работе, прекрасный педагог и клиницист, профессор, член-корр. РАМН Анатолий Федорович Даренков. Его высокий профессионализм, творческий подход и вера в будущее Российской урологии пробуждали стремление молодых врачей к овладению специальностью и активным научным изысканиям.

Активным помощником А.Ф. Даренкова в вопросах подготовки кадров не только для Российской Федерации, но и всех 15 республик Советского Союза, была Ученый секретарь института Лариса Георгиевна Кульга, приложившая немало усилий для создания творческой обстановки обучения, получения практических навыков и развития научного мышления врачей-урологов.

Большое количество желающих обучаться в клинической ординатуре и аспирантуре, а также на циклах повышения квалификации на базе НИИ урологии, требовало создания в институте специальной структуры отдела, отвечающего за организацию и проведение процесса подготовки специалистов. В декабре 2006 г. приказом директора НИИ урологии МЗ РФ был создан отдел последипломного образования и сертификации, который возглавила профессор Элана Константиновна Яненко. Активными сотрудниками и единомышленниками Э.К. Яненко были Татьяна Александровна Носова и Елизавета Владимировна Зайцевская. Их опыт педагогической деятельности способствовал подъему качества образования в институте на принципиально новый профессиональный уровень.

С 2007 года институтом урологии руководит профессор Олег Иванович Аполихин, который определил новые принципы обучения молодых специалистов на основе существующих мировых стандартов.

С 2007 года отделом последипломного образования руководит д.м.н. Александр Викторович Казаченко.

Сегодня НИИ урологии проводит обучение в клинической ординатуре, аспирантуре и докторантуре по урологии.

На базе отдела последипломного образования проводится обучение на циклах тематического усовершенствования и повышения квалификации, данный раздел работы курирует д.м.н., в.н.с. Ходырева Л.А.

В НИИ урологии накоплен высокий научный потенциал в лице 20 докторов, 48 кандидатов медицинских наук и 7 профессоров. Материально-техническая оснащенность института соответствует уровню мировых урологических клиник. Наличие лабораторных и диагностических служб с уникальным оборудованием, большой экспериментальной и клинической базы позволяет проводить подготовку специалистов на высоком профессиональном и методическом уровне.